Gerade erst entdeckten wir diese Super verbreitetes Virus, das in dir dürfte

Wissenschaftler berichten heute die Entdeckung eines unglaublich gemeinsamen neuen Virus, das im menschlichen Darmbakterien lebt. Es heißt CrAssphage (auf den Namen später mehr!), und es ist etwa sechsmal häufiger als alle anderen bekannten bakterielle Viren zusammengestellt. Wie konnten wir es für so lange übersehen?

Die Aufsicht mag besonders seltsam, wenn man bedenkt wie intensiv unser Darm Microbiome haben in letzter Zeit untersucht worden. Die Aufmerksamkeit konzentriert sich auf Bakterien, enthält das Mikrobiom tatsächlich Viren – und Pilze – zu. Die Viren, die uns am meisten vertraut sind diejenigen, die machen uns krank, Grippe, Herpes, Windpocken, aber CrAssphage und andere Viren Leben in unsere Eingeweide tatsächlich Bakterien, nicht Menschen angreifen. Sie heißen Bakteriophagen oder Phagen nur, kurz.

Finden wir CrAssphage nicht deshalb, weil wir nicht wussten, um zu suchen. Lassen Sie uns das Huhn-und-das-Ei-Problem hier.

Während neue Sequenziertechnologien viel schneller und billiger bekommen haben, haben sie immer noch eine Schwäche: sie sind ideal für Suche nach Dingen, die wir bereits wissen um zu suchen, aber sie sind auf der Suche nach neuen Organismen lausig. Wenn Forscher eine Stuhlprobe analysieren, erhalten sie eine Suppe von allen DNA-Fragmenten aus der Probe – Bakterien, Viren und Menschen gleichermaßen. Dann gibt es die rechenintensive Aufgabe der Montage diese Fragmente in Sequenzen, die wir identifizieren können. Wenn bestimmte Bakterien hat eine bestimmte Zeichenfolge von genetischen, dann hey, wir haben festgestellt, dass Bakterien in der Probe.

Das Problem ist, dass, wenn wir nicht schon die Folge von einem unbekannten Virus , wir kann es mit dieser Technik nicht finden. In der Tat, sagt Bas Dutilh, Autor von dieser neuen CrAssphage Studie, etwa 75 Prozent der DNA-Sequenzen in eine neue Stuhlprobe nicht bekannt sind. Wissenschaftsjournalist Ed Yong leistet hervorragende Arbeit wie Dutilh bekam, um das Problem zu erklären:

Dutilh Team fand es mithilfe von einen anderen Ansatz basiert auf einer einfachen Idee:, dass Fragmente, die immer wieder, in den gleichen Proben auftauchen eher zu teilen das gleiche Genom. Sie verwendet eine Technik namens assemblyübergreifende, um eine solche Gruppe von Co vorkommenden Sequenzen in Stuhlproben von 12 Personen zu identifizieren. Sie stellten dann diese Sequenzen in einem einzigen Genom.

So dort haben Sie es: CrAssphage, so benannt nach der Kreuz-Montagetechnik, die zu ihrer Entdeckung führten. Dutilh Team hat ein bisschen mehr Arbeit um sicherzustellen, dass diese CrAssphage speziell aus Bacteroides, eine gemeinsame Gruppe von Bakterien in unsere Eingeweide lebte.

Alles in allem fand das Team CrAssphage in 75 % der Darm-Sequenzen, die sie studiert von den Leuten in den USA, Europa und Südkorea. Wir sind noch nicht sicher, was genau Phagen in unserem Darm tun, aber auf jeden Fall eine Rolle in den Darm mikrobiellen Ökosystems. Letzten Jahr eine Studie vorgeschlagen, Phagen helfen eindringende Bakterien in Schach zu halten.

Denn jetzt, ich werde einfach verlassen mit unheimlich viele: Wissenschaftler schätzen gibt es 100 Mal mehr Viruspartikel als menschliche Zellen in Ihrem Körper. So gibt es noch viel um zu lernen, was wir wirklich sind. [Nature Communications über nicht genau Hexenwerk]

Bild oben: Bakteriophagen um eine bakterielle Zelle. GrahamColm/Wikipedia Commons