Die Hälfte die DNA auf der New Yorker U-Bahn entspricht keinem bekannten Organismus


Die Ergebnisse eines massiven neuen DNA-Sequenzierung Projekts auf der New Yorker u-Bahn haben soeben erschienen. Und ja, es gibt eine Menge von Bakterien in der u-Bahn – obwohl wir die meisten wissen, ist es harmlos. Wirklich wichtig ist aber, was wir nicht kennen.

Das PathoMap-Projekt, die Probenahme Drehkreuze, Bänke und Tastaturen an 466 Stationen beteiligt, 15.152 Lebensformen in insgesamt, von denen die Hälfte bakterielle wurden gefunden. Das Wall Street Journal hat eine spielerische und interaktive mikrobielle Karte der u-Bahn aus den Daten erstellt und die zeigen, wo auf den Linien der Bakterien "alles von Mozzarella zugeordnet" Käse, Staph-Infektionen gefunden wurde.

Aber "zugeordnet" ist ein ziemlich unscharfe Begriff, der an die Grenzen der Wissenschaft stößt. In den letzten Jahren ist die genetische Sequenzierung erheblich leistungsfähiger und billig, wodurch metagenomische Analysen möglich geworden. Das bedeutet, wir können alle der DNA in einer ökologischen Probe nehmen — Menschen, Pflanzen, Bakterien, Schabe, — und Sequenzierung der Hölle aus ihm heraus.

Das Problem ist jedoch, dass unsere genetische Bibliotheken noch unvollständig sind. Zum Beispiel, wenn ich nicht, welche die DNA-Sequenzen eine Kakerlake aussehen weiß, wie kann ich wissen, dass meine DNA-Sequenz eine Kakerlake gehört? Das ist, wie man die Hälfte die DNA in das Projekt keine bekannten Organismus abgestimmt.

Dies gilt insbesondere, wenn es darum geht, Bakterien, die zum ersten Mal in diese neue metagenomischen Analyse entdeckt werden. Und was bedeutet "zugeordnet," Wenn es darum geht, Bakterien, wirklich? Vielleicht finden wir eines bestimmten Bakteriums auf Käse einmal, aber vielleicht probieren wir nie ihre wahre Heimat?

Auch die besten Technologien, die wir jetzt haben sind letztlich grobe Werkzeuge, eine große, unsichtbare Welt tappen. Es werden vielleicht schwer zu erahnen, ob es sinnvoll für Acinetobacter oder Enterococcus auf die u-Bahn, aber das Forscherteam fanden viele nicht-mikrobielle DNA zu, und eine Menge davon hat keinen Sinn. Laut dem WSJ herrschte menschlicher DNA, wie Käfer und fliegen-DNA wurden. Die machen Sinn. (Wir nicht tatsächlich über Kakerlaken wissen, weil ihr Genom noch sequenziert wurde noch nicht.)

Jedoch war die nächste am weitesten verbreitete Art von DNA, Gurke. Gurke? Wann war das letzte Mal Sie jemanden sah auf eine Gurke in der u-Bahn nagt? Wahrscheinlicher ist, gruppiert das Computerprogramm alle Pflanzenmaterial unter Gurke.

Und dann gab es die gerade nach oben komisch sind, laut Wall Street Journal.

Initial Datenbankrecherchen mit u-Bahn DNA, zum Beispiel falscher Übereinstimmungen der Tasmanische Teufel, die Himalayan Yak und der Mittelmeer-Fruchtfliege aufgedreht – höchst unwahrscheinlich, dass in New York gefunden werden alle Kreaturen Versandverfahren.

Warum einige der mikrobiellen DNA findet sich das klingt alarmierend – Milzbrand, zum Beispiel – ist kein Grund, nur noch aufrufen, Homeland Security.

Nichts davon beeinträchtigt, natürlich, wie unglaublich interessanten städtischen Mikrobiologie wirklich ist. Die Stadt ist ein Organismus, und langsam beginnen wir zu verstehen, seine Microbiome. Studieren wie Bakterien – seien es Krankheitserreger oder Plünderer oder einfach harmlose Mikroben – Ausbreitung durch die städtische Umwelt könnte neue Einsichten in die Funktionsweise einer Stadt ergeben.

Ich bin nur ungeduldig für die Zukunft, wenn wir sind darüber hinaus die einfache Katalogisierung von Mikroben, um wirklich zu verstehen, wie sie leben und Funktion zusammen. [WSJ, Zellsysteme]

Bild oben: Alessandro Colle/Shutterstock

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