"Dunkle Materie" des Lebens: geheimnisvolle Bakterien erfasst

Das Genom des geheimnisvollen Bakterien, die im Krankenhaus Abflüssen lauern hat sequenziert.

Niedrige Konzentrationen von Bakterien, bekannt nur als Kandidat Phylum TM6, wurden in Wasser-Systeme auf der ganzen Welt gefunden, doch da sie nicht im Labor kultiviert werden konnte, war fast nichts über sie bekannt.

Die neue Forschung, detaillierte heute (10. Juni) in der Zeitschrift Proceedings of National Academy of Sciences, könnte der erste Schritt im Verständnis, was genau diese Bakterien zu tun, sagte Co-Studienautor Jeffrey McLean, eine mikrobielle Genetiker am J. Craig Venter Institute in La Jolla, Kalifornien.

"sie sind diese dunkle Materie des Lebens", sagte McLean. "Wir halten sie zu sehen, aber wir haben keine anderen Informationen über sie. Wir wissen nicht, was sie in der Umgebung zu tun. Es könnte von reichen als vorteilhaft, als schädlich."

Dunkle Materie

Obwohl bekannt ist, dass Bakterien die Schlagzeilen gelangen, sind alle um uns herum eine Vielzahl von anderen Mikroben über die wenig bekannt ist. Wissenschaftler gelegentlich Spuren von DNA aus dieser schwer fassbaren Bakterien zu erkennen, sondern wissen fast nichts über das was sie tun und ob sie schädlich sind.

Im Jahr 1996 identifizierten die Forscher zunächst eine solche Fehler, die sie Kandidaten Phylum TM6 genannt. Die Bakterien schien die Welt-Wasser-Systeme durchdringen.

Um die geheimnisvollen Bakterien zu identifizieren, McLean und seine Kollegen geschabt Schmiere aus einem Krankenhaus Waschbecken abtropfen lassen. Die Goo enthalten die Gene aus einer Vielzahl von verschiedenen Bakterien, so dass das Team fluoreszierende Tags verwendet, um die DNA in den einzelnen Zellen zu identifizieren.

Wenn sie einzelne Zellen gefunden, sie sie getrennt und dann brach die DNA aus diesen einzelnen Zellen in Schnipsel. Sie verglichen die DNA mit bekannten Genome für andere Bakterien, bekannten Bakterien zu beseitigen und eine Genom für unbekannte Spezies zu rekonstruieren. [Entschlüsselung des Genoms: 6 molekulare Meilensteine]

Symbiotischen Bakterien

Sie waren etwa 90 Prozent des Genoms für Kandidat Phylum TM6 zu rekonstruieren. Dass die Bakterien nicht eigene Aminosäuren, die Bausteine, aus denen Proteine, machen denkt das Team die Bakterien benötigen einen Host zu überleben. TM6, sagen sie, entweder auf einem einzelligen Mikroorganismus namens eine Amöbe leben können oder auf ein anderes Bakterium, das einen Biofilm, eine schleimige Mischung aus Bakterien bildet, die Oberflächen, klebt, McLean sagte.

Rechts weiß sie jetzt, ob TM6 Bakterien schädlich oder nicht sind, aber andere Fehler, die im Inneren Amöben Leben sind.

"Krankheitserreger wie Legionellen und Francisella in der Lage gewesen, Menschen zu kolonisieren, da sie zuerst eine Amöbe kolonisiert," sagte McLean LiveScience.

Nun, sie das Genom haben, und weiß zum Beispiel, dass TM6 einen Host zu überleben, braucht hoffen die Forscher schließlich Kultur des Bakteriums und lernen, wie es sich verhält.

Die Forschung sagte "eine technische Tour-de-Force," Moselio Schaechter, ein Bakteriologe an der San Diego State University, die nicht an der Studie beteiligt war.

Dennoch können nicht ohne Kultivierung von Bakterien, die Forscher sagen viel über die Biologie. Zum Beispiel eine DNA-Sequenz von einem Bakterium in ein Waschbecken Abfluss ist nur eine Momentaufnahme des Lebens das Bakterium und nicht sagen wie lange es dort war oder wie häufig es ist an dieser Stelle.

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